在未來的星際世界中，各個行星都納入聯邦的管制。上部的強將軍因犯了事兒被降級，發配到了火星空間站。
在那裡，小強主要負責在模擬環境里訓練新兵蛋子。果然這些隊友沒讓小強失望，菜就不說了，而且他們全都是拖後腿的豬隊友。小強日子還算閑情，但一場突如其來的災難就打破他的平靜。
艦隊監測到火星表面突然湧現大批蟲族，繼而向太空中的艦隊發起了攻擊。小強臨危不亂，在艦船爆炸的瞬間，帶領部下脫離險境向火星進發。不想躍入大氣層後，他們就遭到電漿蟲的猛烈攻擊，一到地面，大批蟲族就源源不斷地向他們襲來。
隨即，小強就帶領部下進行了頑強的反擊。費了一番力氣後部隊暫緩的局勢。不過，戰士們的傷亡卻是小強心頭的痛，這就是上課不好好培訓的下場。落地成盒真替你們感到悲哀呀。
為抵抗蟲族攻佔火星，小強利用了迷你核彈進行的打擊。然而，伴隨著一聲劇烈的爆炸，殘酷的彈藥問題將他們拉回了現實。由於彈藥耗盡，他們只能祈禱救援飛船的出現。好在天線寶寶的祈禱得到響應，一艘火星巡邏艦發現他們蹤跡，可就在一行人準備離開的時候，蟲族的突襲讓局勢緊張了起來。
經過一番廝殺，隊長小強卻因動力不足墮入了蟲坑。魔性爆發入侵後，聯邦大元帥阿花去打起了自己的算盤。在這個只看數據的網紅時代，為了獲得民眾支持，阿花不惜讓火星成為自己的票倉。原來聯邦早已暗中放棄了火星殖民地，所以在火星遭到襲擊後，小強他們才沒有獲得任何援助。不過即便是這樣小強還是頑強的活了下來。
昏迷中的小強被一個大妹子發現，沒想到喚醒的方式如此之殘忍。醒來後的小強還以為自己死了，因為眼前的這個大妹子在上部就已經死了，那這幻覺又是怎麼回事呢？原來聯邦中的卡爾洞察到了情況，因被阿花劫持，索性就得知了阿花毀滅火星的計劃。
恰巧卡爾用念力發現遺留在火星的小強，兩人從小又是至交，為了救老友為了救火星，卡爾告知了小強阿花要毀滅火星的計劃。為了謀得更高的權位，阿花大肆渲染火星被蟲族攻陷的假象，藉此動用Q彈毀滅火星，達到剷除蟲族的目的。
這樣一來便極大的建立威信。卡爾希望小強前往氣象台，以找到打敗蟲族挽救火星的方法。可路上一隻囂張的蟲子攔住了去路。好傢夥，花里胡哨的小強反手就送了盒飯。不過小強盔甲已經耗損報廢了。就在抵達氣象塔的路上，小強發現了雙方交戰的殘骸，結果尾隨的蟲子吹響了恰飯的號角，緊急關頭小強就地拾取裝備進行了頑強的反抗。最後逃至氣象塔的小強迎來了蟲族的圍剿。
就在小強準備獻身的時候，豬隊友竟然殺回來救主了。緊接著隊友加入到了戰鬥當中。不過僅憑几人的小隊，就能攔住千軍萬馬的蟲族還是有點辣眼睛，關鍵是在防守過程中還掛掉了幾個。現在他們要做的是使用氣象塔的核反應堆，製造爆炸，從而消滅火星上的蟲族。就在小強指揮作戰時，阿花又開啟了炸火星的直播，並準備引爆Q彈。
不巧Q蛋就埋在氣象塔底部，發現的隊友順便就解除了Q彈的威脅，而且還通過直播揭穿了阿花的陰謀，讓所有人看到火星並沒有完全淪陷，而是還有人為之在抗爭。最終，阿花的謊言不攻自破。但如何擺脫蟲族倒成了一行人的麻煩，蜂擁而來的蟲族擠滿整個基地，到處都是激烈交火，無奈一行人只能往高處避難，但設定的爆炸即將在十分鐘後爆炸。
所幸在這個關鍵時刻，卡爾用念力通知的女艦長趕到了現場，憑藉盔甲的機動，戰士們火速向飛船轉移。最後在小強的帶領下，大家都有驚無險擺脫了困境。隨著他們的離去，氣象塔產生的爆炸消滅了所有在場的蟲族。這次小強成功化解了火星的危機，而卡爾也取代了阿花，成為了新的指揮官。
然而對於小強來說，他與蟲族的戰鬥才剛剛開始，因為他即將帶領部下奪回被蟲族控制的火星。
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