廉政公署收到報案人廖雨萍（周秀娜飾）的實名舉報，舉報正在坐牢的富二代曹元元（林峯飾）涉嫌行賄監獄裡的監督沈濟全（譚耀文飾）以及懲教員，首席調查主任陸志廉（古天樂飾）決定深入虎穴，卧底獄中。在監獄裡，被陸志廉送入監獄的前警司黃文彬（林家棟飾）以及曹元元兩大幫派勢成水火，陸志廉趁機接近曹元元取得信任。同時監獄外的廉政公署總調查主任程德明（鄭嘉穎飾）、國內反貪局行動處處長洪亮（丁海峰飾）也陸港聯手，通力合作，最終成功破獲貪腐行賄大案。
廉政公署的首席調查主任陸志廉假裝以酒駕，非法賽車的罪名進入了監獄。因為，廉政公署收到相關舉報，被判刑入獄的富二代曹元元，即將提前出獄。
在這之前，他派手下去恐嚇當年的證人廖雨萍，廖雨萍向廉政公署舉報，懷疑曹元元在獄中有賄賂監獄管教人員。
好友劉保強告訴陸志廉，當年他親手送進監獄的前警司黃文彬正巧也在他要進去卧底的監獄，讓他自己小心。
在曹元元服刑的赤澳監獄，黃文彬向監獄的監督沈濟全申請提前假釋，卻被拒絕。
陸志廉首次進入監獄，領取生活物品，監獄的犯人阿祿向他示好。阿祿向他介紹獄中的兩個幫派，一派是富二代曹元元為領頭的，還有一幫是原來的警司黃文彬為領頭的。他們兩幫水火不容，時不時的在監獄內以打架鬥毆的名義賭博，而監獄的管理人員只是在一邊旁觀。
而這時，兩幫派出的人員對打不分伯仲，陸志廉被要求出來做公證人，陸志廉最後幫了曹元元，指認他的人獲勝。
在吃飯時，劉保強前來視察，曹元元現場挑事，陸志廉為了接近他再次出場幫忙。
在犯人洗澡時，黃文彬指使手下對陸志廉下毒手，陸志廉拚命反擊，逃過一劫，而這一切都被曹元元看在眼裡。
阿祿即將出獄，把自己的物品都送給了陸志廉，並勸說他在監獄裡找一個靠山。
曹元元私下賄賂獄警錢國豐，正好被陸志廉發現。黃文彬在獄中繼續威脅陸志廉，曹元元出手幫了他。在獄中，當曹元元正在享受獄警給他準備的特供美食時，黃文彬帶著手下沖了進來，欲致他於死地，被偶然在此的陸志廉發現，陸志廉出手救了他，但他自己也被捅了一刀。
獄警錢國豐讓小獄警出假報告，說是犯人搶食物導致鬥毆。
在醫院養傷的陸志廉和程德明聯繫，程德明轉告他，高層讓他停止行動遭到拒絕。陸志廉把有可能受賄的獄警名單交給了程德明。
陸志廉養好傷後，回到監獄，被轉到了曹元元的監室。曹元元打聽陸志廉以前從事的工作，陸志廉假稱之前在保安公司做事，曹元元接受了他做自己的手下。
阿祿再次回到了監獄，並偷偷告訴陸志廉，曹元元幫助監獄的眾多獄警賭馬賺錢，還給獄警的監督沈濟全匯款。
曹元元對陸志廉還是有所懷疑，讓沈濟全幫忙調查陸之廉以前在哪家保安公司做事。
陸之廉看到獄警錢國豐在和曹元元私下聯繫，通過錢國豐的手機看到了曹元元與外界聯繫的律師信息。小獄警也與陸之廉聯繫上，告訴他，自己受到程德明的委託協助他。
曹元元的御用律師姚君豪去保安公司調查陸之廉的信息，還好程德明及時和保安公司聯繫，沒有露餡。
阿祿的老婆懷孕了，挺著大肚子來監獄要和他分手，阿祿很沮喪，陸志廉開導他，他老婆並不是真的想和他分手，只是看他一直在監獄，看不到希望而已。阿祿聽到後，決定改邪歸正。
姚君豪私下進入監獄與曹元元見面，告訴他，廖雨萍已經去廉政公署去舉報他了，而廉政公署已經受理。曹元元很憤怒，要求姚君豪找人去綁架廖雨萍。陸志廉知道後，感到廖雨萍會有危險，及時通過小獄警給的電話，通知了程德明，要求他們趕快保護廖雨萍。但是，不小心被曹元元發現，還好，他機智，躲過了曹元元的質疑。
曹元元的手下去綁架廖雨萍，程德明及時趕到，救出了廖雨萍。之後，程德明把廖雨萍帶到安全屋進行保護。
大陸反貪局官員來到香港，跟蹤姚君豪，卻被他的手下發現。曹元元的父母來到監獄看他，他們指責他鬧事殺人，破壞了他的計劃。
國內反貪局行動處處長洪亮和助手來到香港，和程德明見面，告訴他們，正在抓捕內地官員的白手套袁正雲，而這個袁正雲正是曹元元的繼父。
而曹元元正準備提前出獄，就是為了能和父母一起離開香港。曹元元在獄中向陸之廉講述自己年輕時候，從不得到老爸的認可。陸之廉趁著曹元元昏睡，找到了他隱藏的賄賂獄警的證據。
程德明來獄中探訪陸之廉，告訴他，曹元元的父親來到香港，趁他出獄的時候，會立即帶他離開香港。而陸之廉把找到的隱藏證據也偷偷交給了程德明。
小獄警因為不願意和其他獄警一起同流合污，被調去總部做文職人員了。
陸之廉在阿祿的幫助下，偷偷進入沈濟全的房間，找他的受賄證據。沈濟全終於發現自己的受賄證據不見了，找來獄警一起查房，雖然，查了所有人的物品，但是，還是沒有發現丟失的受賄文件。原來，丟失的文件，被阿祿偷偷藏在嘴中了。
姚君豪利用廖雨萍的手機通話信息查到了她躲藏的安全屋區域。
阿祿又一次出獄了，他按照陸之廉的囑咐與程德明見面，把獄警受賄的證據交給了他。
沈濟全把受賄的文件丟失的事告訴了曹元元，曹元元猜測是陸之廉搞的鬼，命他交出來。但是，陸之廉很鎮定的樣子，他猜測已經由阿祿帶出監獄了，馬上通過監獄外的律師姚君豪去找阿祿。
姚君豪帶著很多人去找阿祿，欲找回丟失的受賄文件，他們把阿祿打個半死，阿祿還是沒有交代受賄文件的下落。
姚君豪的手下最後還是找到了廖雨萍躲藏的安全屋，而此時，曹元元也發現了陸之廉是廉政公署的真實身份。曹元元利用監管漏洞，提前一天出獄，前往廖雨萍躲藏的安全屋，欲殺了她。此時，陸之廉也趕到了。在一番激烈的對戰打鬥之後，曹元元終於被擒獲。
而在監獄中的諸多受賄獄警也一一被抓獲。袁正雲夫妻也被大陸反貪局官員帶回。
和前幾部《反貪風暴》類型的電影相比，這部更加註重於監獄內的卧底風雲，監獄中的戲份比較多，而真正抓大老虎的戲份基本上是一筆帶過。總的來說，還是值得一看的，畢竟現在好看的港片也不多了。
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