公元1864年6月1日，即同治三年四月二十七日，洪秀全去世，終年51歲。
洪秀全的一生，享盡了榮華富貴。太平天國定都南京11年，洪秀全沒出過南京門一次，而生活的天王府他也只出去一次，看望生病的東王楊秀清。
無論從哪個方面來看，洪秀全死亡的時間實在蹊蹺，他死亡後一半個月，天京就淪陷。上天詛咒?不太可能。1864年5月，湘軍水陸並進，包圍天京。曾國荃率陸軍紮營雨花台，彭玉麟率水師駛進河口。城內彈盡糧絕，洪秀全帶頭出草團充饑，因此致病。
如果上面說法屬實，就意味著洪秀全是病死的。李秀成是太平天國後期的主要將領，洪秀全去世後，此人全面主持天京保衛戰，對洪秀全去世前後的情況有著較為確切的了解。
李秀成逃跑未成，被曾國藩抓捕。從當年7月29日到8月7日，獄中的李秀成寫了7萬多字的供詞。
曾國藩看了李秀成的供詞後，親自作了一些刪改。至於刪改原因，曾國藩給出了理由，「別字改之;其諛頌楚軍(湘軍)者刪之;閑言重複者刪之;其宛轉求生乞貸一命(誣陷)，請招降江西、湖北各賊以贖罪，言招降事宜有十要，言洪逆敗亡有十誤，亦均刪之。其實文理不通，事實不符，概不刪改，以存其真。」
李秀成死後，曾國藩給清廷上了一封奏摺，提到了洪秀全的死因，「據(李秀成)供，洪秀全生前，經年不見臣僚，四月二十七日因官軍急攻，服毒身死，秘不發喪。而城裡群賊，城外官兵，宣傳已遍，十餘日始行宣布。」
曾國藩是把洪秀全定性為服毒自殺，真相真的如此嗎?由於《李秀成自述》經過曾國藩的再加工，其真實性有待考證，但史學界一直苦於缺乏史料作證。
真相不會被掩蓋，時間會證明這一點。上世紀六十年初，收藏在曾國藩家中長達一百多年的《湘鄉曾八本堂·李秀成親供手跡》正式影印發行，這份李秀成供稿是李秀成最原始版本。
裡面明確記載了洪秀全死因，「此時大概三月將尾，四月將初之候，斯時我在東門城上，天王斯時已病甚重，四月二十一日而故。」「此人之病，不食藥方，任病任好，不好亦不服藥也。是以四月二十一日而亡。……天王之病，因食咁露病起，又不肯食藥方，故而死也。」
至此，洪秀全病死被得以確認。
