故事发生在明末清初，却是个世道混乱的年代，地痞流氓为了悬赏，在街上随意抓人。
穷书生宁采臣因生活所迫，故而帮人收账讨生活，一路食不果腹，好不容易来了“郭平县”，却因账本被淋湿，看不清上面的字迹被店家赖账将其赶走。
在那个年代，有钱的是大爷，没钱的什么都不是，就好比他在集市上看到了一副画，这幅画正是“女鬼聂小倩”生前的画，我想着一切皆是缘分。却因为身上没钱被卖画的老板嘲笑到：“品位高，身份低。”
他满脸的稚气胆小懦弱的性格与这个世道明显有些格格不入，也暗示着这个时代“人性”的复杂与险恶，但他内心并存着善良，因此改变了他的一生。
身无分文的宁采臣只好询问路人，问那里是否有免费的地方住宿，于是便有一段，意义非凡的际遇。
“请问哪里有免费的住宿？”
“不花钱住宿，去兰若寺。”
“请问兰若寺在什么地方？”
“兰若寺？从这里向东走三里半，有一座很阴森的古庙就是了。”
一段人鬼情未了的故事，盛开在“兰若寺。”
因时局动荡，“兰若寺”里面的人全部都走光了，其后面就是一个乱葬岗。久而久之，就变成了一个妖、鬼的栖息之地，所有在那里借宿的人，都有去无回。
与此同时，在这里居住了一位江湖侠义道士“燕赤霞”，他曾经是名震关东广西二十六省的辣手判官，他生平最恨贪官污吏，却因奸臣当道，迫于无奈退出了江湖。
他外表凶悍，心地却温暖纯良。故而在此“兰若寺”震刹恶鬼，默默保护善良的人。
聂小倩，长得倾国倾城，出身官宦之家，却因被奸人所害而死在路上，家父把她的尸骨暂时埋在一棵老树下，没想到，父亲也被人害死了。千年树妖控制了小倩的尸骨，让她为其作恶，为此她不得不去伤害别人。
她和他的故事，在“善良”的边界开出了繁花。
宁采臣初遇聂小倩时，是被那优美动听的琴声给吸引，琴音绕耳，水光涟漪的湖水小亭，灯火伊人，好一副倾城佳人抚琴的画面，真是令人赏心悦目。
两人四目相对，聂小倩眼波流转，笑意微微，白衣素裹，令人心醉。而此时的宁采臣，衣衫褴褛，手持着刀具，满脸的书生气，不免有些窘迫。
初次相遇，美人如画，才子佳人，坐怀不乱，也无半点冒犯之意，这让聂小倩对宁采臣有了不一样的看法。
明明不会游泳，为了帮她捡丝帕，义无反顾地跳下湖水去捡；明明半点武艺都没有，为了保护她，舍身犯险独自一人去引开道行高深的“燕赤霞”；明明自己怕蛇，却还是站到她的前面，不让她受到伤害。
“你叫什么名字？”
“宁采臣，那你呢？”
“聂小倩。”
在这一刻，小倩的内心动了恻隐之心，她被眼前这位善良的少年郎所温暖，故而给她留下了一封“丝信”：“你是好人，以后不要再来找我。”
她不想害他，因为她知道他是个好人。我想或许，在那个时代不管是人是鬼，大部分的人都是为了自己的利益所活着，尔虞我诈，惺惺作态。
影片中出现了一幕，宁采臣在寺庙把账本补写完整，回到“郭平县”把账给收了，就在他要走的时候，看到死人送葬队伍，出现了小倩的身影。其实折射出来，小倩她不是人，而是鬼。
当燕赤霞第一次告诉宁采臣寺庙有鬼的时候，他深信不疑，因为他所遇到的“鬼”，并没有伤害他。
第二次宁采臣赴约，聂小倩因为怕树妖姥姥伤害他，故而和他翻脸，说着绝情的话，让他打消对自己的念头。
——“你这个穷小子，不要妄想了，你是看上我家有钱，像你这种人，我见得多了，我不会上你的当。”
青灯古亭，书生有意，美人有情，人鬼殊途，不能恋，不能恋。
而后，宁采臣愤愤离去，在路上遇到了卖画的老板，老板对他说道：“公子呀，美女洗头的那副画已经找不到，换过别的吧。”
他对卖画的老板说道：“画里面的人我见过，她太无情啦。”
“她死了一年多啦，忘了她吧！”
“你也用不着咒她死，那么狠心。”
......
即使小倩伤了他的心，可他还是护着她。
随后，看到通缉犯的画像，误以为是燕赤霞，便单枪骑马去救她。这一份赤诚之心，彻底把聂小倩给打动了。
美人唇红启齿轻轻地问道：“你真的赶回来救我？”
少年低着头害羞的呢喃着：“嗯。”
千言万语，在此刻都化作一汪情水，春雨过后，爱意更浓，之前经历的种种，都变得弥足珍贵，相拥怀抱，无声胜有声。
一句“我不是人”，把他们之间的距离，一下子拉开了。
这是第三个人告诉他，这个世间“有鬼”，但是赤诚的少年郎，还是不愿意相信，他要救她，便去衙门报官，事实证明了“衙门”的官大人就是中饱私囊，贪生怕死的鬼才之辈。
张口闭口都是银子，对于宁采臣来说，他有心贿赂，也拿不出分毫。
待燕赤霞赶到时，所有的误会都解决。而燕赤霞再次告诉他，小倩她们都是“鬼”，这下让宁采臣不得不相信，在回想起之前的种种，一切了然。
“为什么天亮了，就一定要走。”
“为什么，只能是晚上相见。”
“为什么，她会轻功。”
......
当宁采臣和燕赤霞达成了合作协议之后，他再次来到了“兰若寺”，心中却生出了“怕意”。手持着铃铛，心里念着《金刚经》，口中的那一句“般若波罗蜜”带着丝丝颤抖。
当宁采臣再次见到小倩的时候，他本能地后退了，这一退，退开了一丝情分，带着凉意，小倩泪眼婆娑的看着他说道：“你为什么还要回来，姥姥已经知道你在这里了。”
而宁采臣带着害怕的眼神看着她说道：“你真的是鬼？”
很显然，他想在确认一遍，他的内心始终相信这位佳人，不是人们口中所说的“恶鬼”，但随即小倩的一番话，让他彻底放下戒心，对她更加怜惜，为此不顾一切要救她。
“你以为鬼可怕，其实人更可怕，有时候人害人比鬼还要残忍多呢？而且有些鬼，因为冤情未白，不能投胎转世做人，所以颠沛流离，其实有些鬼，比人还善良得多。”
“我出身官宦世家，被奸人所害，父亲把我暂时埋在老树下，没想到，他也被人害死了，姥姥控制了我的尸骨，替她引男人，吸取阳气，现在她还把我许配给黑山老妖。”
“我一定会救你的。”
“那么后天黄昏前，你定要把我的骨灰，送回乡下一户人家安葬，这是我唯一的投胎机会。”
那个只会耍大刀的老汉“燕赤霞”，被他们的爱情所感动。或许，在这个乱世之中，“真情”是最稀缺的。
就像他对自己说道：“我退出江湖，就是体验了世人那些势力和虚伪，所以在躲身在古刹废墟，在人面前，我把自己当做是鬼，在鬼面前，我把自己当人，搞到现在人鬼不分。”
很显然，这是影片中的“点睛之笔”，有些人披着“人身”，却做着恶鬼般的事情，而有些“鬼”，也并非人们口中的“恶鬼”。
宁采臣和聂小倩虽然只拥有了短暂的美好。但是这份纯真的爱，却永远烙印在心中，就如他们初见时，那么美好，令人心动。
黎明的到来，小倩要投胎转世，却见不得阳光，宁采臣用身体挡住黎明，故而无法与她相见最后一面。
“太阳出来了，我不走也不行。”
“小倩，你要好好地做人，我会永远记着你的。”
“没想到分手时也不能见你最后一面，你要保重。”
一句“保重”，她告别了人世，那种撕心裂肺的痛，就好像肉体在灼烧。小倩走了，宁采臣泪流满面，情深何许？许在心尖。
正如他们在那一幅画中写下的诗句：“十里平湖霜满天，寸寸青丝愁华年。对月形单望相互，只羡鸳鸯不羡仙。”
人鬼相恋，几多美好，几多失落。
徐克将故事设定在一个人鬼不分的时代里，人界中贪官横行、盗案频频，普通百姓势力油滑，鬼界中恃强凌弱、阴险狡诈，攻于嫉妒算计。
在这个乱世中，反而更加能衬托出宁采臣和聂小倩的可贵，一个将爱视为信仰，一个被人杀害却从不肆意害人，人鬼恋情成为一股清流。
而这一版的《倩女幽魂》已然成为了大多数人心目中的经典，在那世俗恩怨的江湖中，有一种叫做“爱情”的东西在浪漫中盛开。
