凌晨的香港葵涌货柜码头，警方在其附近悄然而迅速地集结，一场大行动即将开始。原来警方同时收到两个情报，一个是凌晨两点有一群太里毒贩会来香港进行毒品交易，地点就在葵涌货柜码头。而另一个情报则是有一批亚洲地区以外的重型军火要从香港出货。警务处处长潘学荣很疑惑，为什么会有同样的时间地点，但是有两种不同版本的情报，是不是有人想冲击警方的情报网，又或者另有预谋。他让重案组和毒品调查科的人在交易地点附近原地待命。而飞虎队员也登上了警用飞机，提前赶到现场随时待命。
此时距离交易时间还有20分钟，在监控车内，刑事情报科高级督察丁浩然接到线人电话，放下电话他对处长说交易的是毒品，卖家不清楚，买家叫文萨是香港人，有黑社会背景隶属联义，资料一会发给大家。处长下令由毒品调查科高级督察章文龙统筹行动，章文龙带着他的小队迅速出发。重案组高级督察汪国栋来到监控车上，他对处长说距离军火交易还有20分钟，这个案子还没完，可能有人想调虎离山，如果真让那批军火出货那就麻烦了。他请刑事情报科的伙计帮他查一下，香港码头凌晨两点有没有船开，目的地去哪儿。情报科的人通过查询得知凌晨两点只有这一个码头有船出货。
此时毒贩在船上开始交易，处长命文龙抓人，文龙带人包围了交易的船只，突然一个神秘男子按下手中的引爆器，码头上堆放的货物发生爆炸，文龙的人有些猝不及防，而船上的毒贩也拿着武器上岸，和警方交起火来。看着监控画面，处长立即通知飞虎队前去支援。汪国栋盯着监控画面说买卖双方都不知道爆炸，有人制造假消息把警力集中到这里。他迅速跑回自己的车前，让大家出发跟着他。
这边飞虎队赶到现场支援，双方激烈交火，毒贩死伤不少。发现文萨开车想逃，监控人员通知文龙尽快去拦截。当文龙赶过去时，文萨正驾驶一辆大货车在路上横冲直撞，他赶紧驾驶另一辆大货车在后面追赶。当文龙驾车和文萨的车并排时，他猛打方向盘，用车去碰撞文萨的车，试图让他停下来，但文萨努力稳住方向盘，继续向前逃窜。在警用小飞机上，飞虎队总指挥骆家成看到有毒品贩子驾船要逃，就让同伴放绳子让他下去，他下到船上后，和毒品贩子交上了火，他沉稳作战，干净利落地将他们一一击毙。
这时汪国栋也来到准备运货出海的船只地点，情报科的同事告诉他那艘船注册公司是也门。下车后，汪国栋告诉同伴货柜里有军火，船还有5分钟就要开了，他让大家小心。当他们让现场装货的人把货柜放下来时，突然船上有人向他们开枪，他和队员急忙躲避，然后迅速开枪还击。塔吊上的人被他击中，正吊起的一个货柜掉了下来，货柜落地后门被摔开了，里面出来一个潜水艇，借着惯性，它朝着汪国栋冲了过去，直到有货物阻碍它才停下来，潜水艇里面并排装着三枚导弹慢慢向上竖起。
此时在码头上启动爆炸装置的神秘男子接到电话，电话里对方说他要出卖他，他说他没有，导弹驱动程式还在他手里。但对方不相信他，他就启动了引爆装置。汪国栋拍了导弹的图片回传给处长，他还发现里面有个定时炸弹，时间是10分钟。而爆炸处理组的人还有8分钟才能到，而一枚导弹的爆炸威力牵涉8公里范围。汪国栋对处长说即使爆炸处理组赶到也来不及拆除炸弹，不如让他试试。处长不同意说太危险了。汪国栋说来不及了，定时炸弹爆炸，三枚导弹也会爆炸，会死很多人。
处长让他小心一点，打开手机直播。汪国栋紧急拆弹，此时竖起的三枚导弹慢慢降落，处长对他说没时间了赶紧撤。就在导弹即将落下的一刹那间，汪国栋终于拆掉了炸弹，他快速向前跑了几步，把炸弹扔进海里，炸弹爆炸了，激起了很大的水花。而文萨在逃跑的过程中，他驾驶的卡车突然侧翻了，追上来的文龙下车把昏迷的文萨从驾驶室里拉了出来，这时他的对讲机响了，手下人告诉他现场缴获一批毒砖，价值一千万。章文龙听了说交易这么少却搞这么大的阵仗，他们中计了。
潘学荣等人来到香港政府总部，向特区行政首长何惠英进行汇报。保安局局长李创声说无人导弹潜艇不是普通的军火，他们会跟进调查。潘学荣说这次的双重情报很明显是不法分子的刻意所为，他们散布虚假情报声东击西分散警方注意力，企图进行军火运送。特首问这个情报是谁找回来时，他说是总区重案高级督察汪国栋。
保安局副局长徐宏业问汪国栋为什么只有他一个人获得这个情报，汪国栋说在警方情报网以外，他还有其他线人。徐副局长问线人什么身份，是否跟犯罪组织有关，是否能回来协助调查，汪国栋说线人不在香港，他有责任保护线人的人身安全。特首让警队协助保安局拿出应对方法来。
下班后，骆家成和潘学荣在酒吧里喝酒聊天，潘学荣觉得此次军火事件并不那么简单，骆家成说警队有很多人才，但都分布在各个部门，他建议成立一个特殊团队来处理特殊的事情，当潘学荣问他谁来带领这个特殊团队时，他不禁会心地笑了，说别拐弯抹角了，他来吧。
