故事發生在明末清初，卻是個世道混亂的年代，地痞流氓為了懸賞，在街上隨意抓人。
窮書生寧采臣因生活所迫，故而幫人收賬討生活，一路食不果腹，好不容易來了「郭平縣」，卻因賬本被淋濕，看不清上面的字跡被店家賴賬將其趕走。
在那個年代，有錢的是大爺，沒錢的什麼都不是，就好比他在集市上看到了一副畫，這幅畫正是「女鬼聶小倩」生前的畫，我想着一切皆是緣分。卻因為身上沒錢被賣畫的老闆嘲笑到：「品位高，身份低。」
他滿臉的稚氣膽小懦弱的性格與這個世道明顯有些格格不入，也暗示着這個時代「人性」的複雜與險惡，但他內心並存著善良，因此改變了他的一生。
身無分文的寧采臣只好詢問路人，問那裡是否有免費的地方住宿，於是便有一段，意義非凡的際遇。
「請問哪裡有免費的住宿？」
「不花錢住宿，去蘭若寺。」
「請問蘭若寺在什麼地方？」
「蘭若寺？從這裡向東走三里半，有一座很陰森的古廟就是了。」
一段人鬼情未了的故事，盛開在「蘭若寺。」
因時局動蕩，「蘭若寺」裏面的人全部都走光了，其後面就是一個亂葬崗。久而久之，就變成了一個妖、鬼的棲息之地，所有在那裡借宿的人，都有去無回。
與此同時，在這裡居住了一位江湖俠義道士「燕赤霞」，他曾經是名震關東廣西二十六省的辣手判官，他生平最恨貪官污吏，卻因奸臣當道，迫於無奈退出了江湖。
他外表兇悍，心地卻溫暖純良。故而在此「蘭若寺」震剎惡鬼，默默保護善良的人。
聶小倩，長得傾國傾城，出身官宦之家，卻因被奸人所害而死在路上，家父把她的屍骨暫時埋在一棵老樹下，沒想到，父親也被人害死了。千年樹妖控制了小倩的屍骨，讓她為其作惡，為此她不得不去傷害別人。
她和他的故事，在「善良」的邊界開出了繁花。
寧采臣初遇聶小倩時，是被那優美動聽的琴聲給吸引，琴音繞耳，水光漣漪的湖水小亭，燈火伊人，好一副傾城佳人撫琴的畫面，真是令人賞心悅目。
兩人四目相對，聶小倩眼波流轉，笑意微微，白衣素裹，令人心醉。而此時的寧采臣，衣衫襤褸，手持着刀具，滿臉的書生氣，不免有些窘迫。
初次相遇，美人如畫，才子佳人，坐懷不亂，也無半點冒犯之意，這讓聶小倩對寧采臣有了不一樣的看法。
明明不會游泳，為了幫她撿絲帕，義無反顧地跳下湖水去撿；明明半點武藝都沒有，為了保護她，捨身犯險獨自一人去引開道行高深的「燕赤霞」；明明自己怕蛇，卻還是站到她的前面，不讓她受到傷害。
「你叫什麼名字？」
「寧采臣，那你呢？」
「聶小倩。」
在這一刻，小倩的內心動了惻隱之心，她被眼前這位善良的少年郎所溫暖，故而給她留下了一封「絲信」：「你是好人，以後不要再來找我。」
她不想害他，因為她知道他是個好人。我想或許，在那個時代不管是人是鬼，大部分的人都是為了自己的利益所活着，爾虞我詐，惺惺作態。
影片中出現了一幕，寧采臣在寺廟把賬本補寫完整，回到「郭平縣」把賬給收了，就在他要走的時候，看到死人送葬隊伍，出現了小倩的身影。其實折射出來，小倩她不是人，而是鬼。
當燕赤霞第一次告訴寧采臣寺廟有鬼的時候，他深信不疑，因為他所遇到的「鬼」，並沒有傷害他。
第二次寧采臣赴約，聶小倩因為怕樹妖姥姥傷害他，故而和他翻臉，說著絕情的話，讓他打消對自己的念頭。
——「你這個窮小子，不要妄想了，你是看上我家有錢，像你這種人，我見得多了，我不會上你的當。」
青燈古亭，書生有意，美人有情，人鬼殊途，不能戀，不能戀。
而後，寧采臣憤憤離去，在路上遇到了賣畫的老闆，老闆對他說道：「公子呀，美女洗頭的那副畫已經找不到，換過別的吧。」
他對賣畫的老闆說道：「畫裏面的人我見過，她太無情啦。」
「她死了一年多啦，忘了她吧！」
「你也用不着咒她死，那麼狠心。」
......
即使小倩傷了他的心，可他還是護着她。
隨後，看到通緝犯的畫像，誤以為是燕赤霞，便單槍騎馬去救她。這一份赤誠之心，徹底把聶小倩給打動了。
美人唇紅啟齒輕輕地問道：「你真的趕回來救我？」
少年低着頭害羞的呢喃着：「嗯。」
千言萬語，在此刻都化作一汪情水，春雨過後，愛意更濃，之前經歷的種種，都變得彌足珍貴，相擁懷抱，無聲勝有聲。
一句「我不是人」，把他們之間的距離，一下子拉開了。
這是第三個人告訴他，這個世間「有鬼」，但是赤誠的少年郎，還是不願意相信，他要救她，便去衙門報官，事實證明了「衙門」的官大人就是中飽私囊，貪生怕死的鬼才之輩。
張口閉口都是銀子，對於寧采臣來說，他有心賄賂，也拿不出分毫。
待燕赤霞趕到時，所有的誤會都解決。而燕赤霞再次告訴他，小倩她們都是「鬼」，這下讓寧采臣不得不相信，在回想起之前的種種，一切瞭然。
「為什麼天亮了，就一定要走。」
「為什麼，只能是晚上相見。」
「為什麼，她會輕功。」
......
當寧采臣和燕赤霞達成了合作協議之後，他再次來到了「蘭若寺」，心中卻生出了「怕意」。手持着鈴鐺，心裏念着《金剛經》，口中的那一句「般若波羅蜜」帶着絲絲顫抖。
當寧采臣再次見到小倩的時候，他本能地後退了，這一退，退開了一絲情分，帶着涼意，小倩淚眼婆娑的看着他說道：「你為什麼還要回來，姥姥已經知道你在這裡了。」
而寧采臣帶着害怕的眼神看着她說道：「你真的是鬼？」
很顯然，他想在確認一遍，他的內心始終相信這位佳人，不是人們口中所說的「惡鬼」，但隨即小倩的一番話，讓他徹底放下戒心，對她更加憐惜，為此不顧一切要救她。
「你以為鬼可怕，其實人更可怕，有時候人害人比鬼還要殘忍多呢？而且有些鬼，因為冤情未白，不能投胎轉世做人，所以顛沛流離，其實有些鬼，比人還善良得多。」
「我出身官宦世家，被奸人所害，父親把我暫時埋在老樹下，沒想到，他也被人害死了，姥姥控制了我的屍骨，替她引男人，吸取陽氣，現在她還把我許配給黑山老妖。」
「我一定會救你的。」
「那麼後天黃昏前，你定要把我的骨灰，送回鄉下一戶人家安葬，這是我唯一的投胎機會。」
那個只會耍大刀的老漢「燕赤霞」，被他們的愛情所感動。或許，在這個亂世之中，「真情」是最稀缺的。
就像他對自己說道：「我退出江湖，就是體驗了世人那些勢力和虛偽，所以在躲身在古剎廢墟，在人面前，我把自己當做是鬼，在鬼面前，我把自己當人，搞到現在人鬼不分。」
很顯然，這是影片中的「點睛之筆」，有些人披着「人身」，卻做着惡鬼般的事情，而有些「鬼」，也並非人們口中的「惡鬼」。
寧采臣和聶小倩雖然只擁有了短暫的美好。但是這份純真的愛，卻永遠烙印在心中，就如他們初見時，那麼美好，令人心動。
黎明的到來，小倩要投胎轉世，卻見不得陽光，寧采臣用身體擋住黎明，故而無法與她相見最後一面。
「太陽出來了，我不走也不行。」
「小倩，你要好好地做人，我會永遠記着你的。」
「沒想到分手時也不能見你最後一面，你要保重。」
一句「保重」，她告別了人世，那種撕心裂肺的痛，就好像肉體在灼燒。小倩走了，寧采臣淚流滿面，情深何許？許在心尖。
正如他們在那一幅畫中寫下的詩句：「十里平湖霜滿天，寸寸青絲愁華年。對月形單望相互，只羨鴛鴦不羨仙。」
人鬼相戀，幾多美好，幾多失落。
徐克將故事設定在一個人鬼不分的時代里，人界中貪官橫行、盜案頻頻，普通百姓勢力油滑，鬼界中恃強凌弱、陰險狡詐，攻於嫉妒算計。
在這個亂世中，反而更加能襯托出寧采臣和聶小倩的可貴，一個將愛視為信仰，一個被人殺害卻從不肆意害人，人鬼戀情成為一股清流。
而這一版的《倩女幽魂》已然成為了大多數人心目中的經典，在那世俗恩怨的江湖中，有一種叫做「愛情」的東西在浪漫中盛開。
