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上篇文章咱們說到了尼克開始籌備復仇者聯盟，這個名字的靈感正是來自於卡羅爾飛機上的字樣，隨後再一次恐怖襲擊中，尼克救下了皮爾斯部長的女兒，順利的當上了神盾局的局長。1999年瑞士科技會議，在這裡托尼認識了殷森等人，托尼承諾基里安在頂樓與其會面，但托尼未能赴約，埋下了仇恨的種子。2005年布魯斯.班納加入生物增強計劃，羅斯將軍再次啟用升級版超級士兵血清，而實驗對象是班納。但是在實驗過程中發生了意外，班納暴露在大量的伽馬射線中，最後變成了綠巨人，隨後開始逃亡生涯。
2008年，托尼·斯塔克繼承了父親的事業，組裝了第一台戰甲馬克1，並利用鈀元素研發了第一代小型弧形反應堆。由於第一代展架的續航時間有限墜毀在沙漠中，隨後又研發了馬克2和馬克3。之後斯坦利用斯坦克工業十六區複製了戰甲，並且盜取了托尼的核心反應堆，成為了鐵霸王，但依舊不敵鋼鐵俠。托尼也在全世界面前說出自己就是鋼鐵俠，天馬計劃再次實施，同時局長還招募了艾瑞克博士。
與此同時伊萬的復仇計劃也失敗了，而鋼鐵俠中毒的跡象也越來越明顯，神盾局卻找不到救他的辦法，只找到了緩解癥狀的方式，將父親留給他的東西帶給他。托尼在看完視頻之後自己研發出了一種新的元素救了自己，也讓父子倆多年來的心結解開了。與此同時，雷神的加冕儀式也因為冰霜巨魔的入侵而打斷，於是他孤身一人去到了冰巨人國，雖然最後被奧丁救了回來，但是奧丁也非常不滿他的行為，便將他放逐，並且在鎚子上施加了魔法，只有得到鎚子的認可才可以使用。
與此同時，羅斯將軍也發現了綠巨人，雖然派出了很多人但都不是他的對手。雷神也因為犧牲自己而救助他人的行為也獲得了鎚子的認可，隨後也被帶回了神盾局。班納博士也找到了可以讓自己恢復成正常人的方式，但是他血液中的提取物卻被布朗斯基注入自己的體內，成為了憎惡，但最終還是被班納打敗。隨後神盾局也發現了美隊的蹤跡，將他帶了回來並讓他加入了神盾局。之後雷神也回到了阿斯加德與弟弟展開戰鬥，洛基卻因實力不濟落入宇宙的深淵，之後更是遇到了滅霸等人，並得到了權杖，讓他作為進攻地球的先鋒部隊。
局長也正式招聘復仇者，雖然中途也遇到了一些事情，但最終在眾人的努力下守護了地球。雷神帶着弟弟和魔方回到了阿斯加德，但是黑寡婦的權杖卻幾經周轉到了一個男爵手中。男爵利用權杖的力量開始各種實驗，造就了很多的產物，其中最出名的就是緋紅女巫和快銀。同時外星人的武器也被一對夫婦得到，最後也加入了神盾局。
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