以史為鑒，直面歷史。
這部電影講述的故事，用14個字概述就是：將軍醫國、可殺人，醫者醫人、必救人。
「1642年，距明朝覆滅還有兩年，李自成率領農民軍包圍開封，明朝大廈將傾」。
慘烈的攻城場面、交錯重疊的炮火聲和喊殺聲，影片一開頭就將觀眾拉回了那個動蕩殘酷的年代。
殘破的大明軍旗、千瘡百孔的城牆像是一個無聲的註解，指向開頭字幕上那句「明朝大廈將傾」。
《大明劫》故事從這裡開始，崇禎皇帝萬不得已將關在死牢內的孫傳庭將軍釋放出來，督師陝西軍政，南下攻打李自成。
可是潼關一帶瘟疫橫行，身強力壯的士兵紛紛病倒，幾天就不治身亡。軍營裏面的運屍車一趟一趟地將將士們的屍體運走。
江湖游醫吳又可臨危受命，大膽提出對《傷寒論》的質疑，提出自創一套的祛病方法，創立《瘟疫論》。
故事分兩條線，明顯是將軍來到潼關，孫傳庭面對的是一系列軍政積弊：兵源不足、補給不足、軍屯被占、政治腐敗。
這一切對孫來說，其實並不是問題。他有理想，也很現實。軍閥擁兵自重？設計殺掉，連他的兵一塊兒殺。
糧官保管不力？直接殺掉。缺糧缺餉？找土豪要。軍屯被占？土豪們則被招待了一頓鴻門宴。
士兵們衝進來的時候，土豪們跪在地上苦苦哀求留條性命，但他理也不理。那一瞬間我有點同情土豪了。也許那裡也有好人，只不過貪財了些，就稀里糊塗地掉了腦袋。
暗線則是醫生吳又可與瘟疫搏鬥，但相對於孫傳庭那邊的血雨腥風，竟然顯得平靜許多。吳又可首先控制了傳染，保住剩下的軍隊，接着開始嘗試治癒病患。
《大明劫》中孫傳庭和吳又可關於幾百名染上瘟疫士兵的處理問題，是電影的高潮。
作為醫者的吳又可，面對每一個生命，他都不願輕易放棄，因此他的選擇是留，而作為將軍的孫傳庭，他是總領全局的人。
在電影中，他對吳又可這麼說道：「如把這些染上瘟疫的士兵一起出關，那麼大軍就都會染上瘟疫，這仗不用打，我們已經輸了，如果把他們留在後方，萬一暴動，無法控制起來，後方不穩，那一樣是一敗塗地的結果」。
在此邏輯下，孫傳庭選擇了殺。兩人選擇的對錯，這裡不做評價，我認為都是在不同角色下做出的不同選擇，其實無法合理同等地進行比較，但從這個劇情中，吳又可的醫道精神是很明顯的表現在了觀眾的面前。
而電影中的醫道是貫穿始終的。從最初吳又可治療官軍頭頭，還想治療旁邊受傷的闖軍，雖立時遭到官軍呵斥，卻也因此救了自己的命。
再到最後，臨危受命，為軍營幾百號染上瘟疫的重症患者治病，以及後來闖軍抓住他，想將他抓走，他卻始終想的都是他的病人。
闖軍就問了一句「官軍治得，闖軍便治不得？」，又可答道：「在我心中，本無官軍，闖軍之分，只有病人」，在醫者面前，無論何人，皆無貴賤，這便是醫道中的待人之道。
電影中的醫道是辯證創新的。這從電影中主角吳又可與他的老師趙川的多次辯論中，就可見一斑。電影中趙川是一個頑固，固步自封，死守祖宗之分不變的老者形象。
他與吳又可同去軍營看病，卻給出完全不同的治療方案，趙問吳為何，吳答之「後輩以為，這非尋常寒熱之症，而是瘟疫初起之像」。
而趙卻大不認同，並且搬出幾百年前的《傷寒論》的祖宗之法來反駁，只以一種論述，便斷言所有的情況，未免不妥，但吳亦無法證明自己的想法，趙便強壓着用自己的想法，豈知這絲毫沒有減弱兵營的瘟疫危機，後自己也因染瘟疫而死。
吳又可也沒有因為遭到尊敬之人的反駁，訓斥而放棄，毅然於深夜出走，獨自一人找尋論證之道，這份精神也很值得我們現代人的學習。
再後來，吳又可終於找尋到空氣傳播疫源的原理，回來首先告知趙川之女，後又對孫傳庭全盤托出，得到孫傳庭的信任和支持，全權負責治療瘟疫之事。
故事結尾，崇禎連連催促孫傳庭南下解開封之圍，但軍營中依舊有百十病號。
大軍不能把他們帶走，也不能留人照看，當地無力供養。於是最終的解決方案就到來了。殺。
吳又可眼看自己的醫治即將成功，卻換來這樣一個結果，欲哭無淚。孫傳庭說：要知輕重。吳又可說：我是一個不知輕重的人。
也許對醫者來說，人命確實是無法以輕重衡量的。但對一個國家來說，可以。
於是吳又可離開了，他回到了江蘇老家，一個世外桃源般的地方。孫傳庭沒有去追他。電影中的這一幕，他坐在昏暗的營帳里，讀着吳又可留給他的信。陽光突然射入，一掃陰霾，原來營帳被軍士收起，這是要拔營啟程了。
新的一天開始，二人走上不同的道路。「世道交替唯醫道永存，世間萬物皆有宿命」。
