《神探大戰》案情曲折，場面火爆，引人入勝，是香港典型的懸疑警匪片。影片中一群案件受害者後代糾結在一起，私刑執法，用當年兇手同樣的手法連環作案，殺死兇手為親人報仇。最後在被革職警察李俊（劉青雲飾）的指導下挖出了警察隊伍中的內鬼方禮信（林峰飾），成功打掉了犯罪團伙。
李俊，重案調查科高級警督，在一起案件中自稱看見怪物胡亂開槍，被認為患病調離一線崗位。之後他常常越組辦案，自認為是神探，常罵同事為廢柴。一次警局案情新聞發佈會中，他認為警方認定兇手有誤，為了表達自己的抗議，私闖現場，劫持警員，現場開槍，被革職。之後李俊被認定患有精神疾病，流浪街頭，露宿橋下，但仍每日思索案件，常常自說自話，模仿兇手與自己對話，勵志要抓盡所有罪犯。一次次的連環殺人案都被他預計得不差毫釐，一次次案發現場他與警察一併衝鋒在前，置個人生死之度外，竭盡全力去追緝犯罪團伙。
這幫兇手正是多年前多起案件受害者的子女，他們糾結在一起與李俊一樣都自稱神探，他們私刑執法，按照當年兇手殘害自己親人一樣的手法一個一個解決掉他們。李俊熟悉每一個案件，知道他們的作案手法，李俊曾經一度懷疑這一系列案件是受警察內部的歐陽劍指使，警察內部也曾懷疑案件是李俊所為。神探犯罪團伙的領頭正是李俊叛逆的女兒，年幼進少管所，燒警車，但她為了不讓別人說自己爸爸是瘋子而指揮「神探」團伙按照李俊的破案思路作案，來證明爸爸是神探。
這也正是李俊每每都能預計到將要發生案件的原因。但李俊錯誤地認為警方歐陽劍為兇手，導致神探犯罪組織將歐陽劍抓走。在最後關頭，李俊意識到了是自己的錯，從陳儀所系鞋帶的方法，判定警方禮信才是真正的「魔警」，與此同時方禮信也張開了一張大網，引誘李俊走入藏屍現場，準備將屠夫的罪名栽贓給李俊。而李俊「神探」犯罪團伙也正是方禮信組織起來的，李俊的女兒成為神探團伙的頭目這正是受方禮信的蠱惑。最終在李俊、陳儀（當年受害者親屬，方禮信的妻子）的共同努力下正法了方禮信。
方禮信這一切所為，是因為其年幼年媽媽吸毒，整天被媽媽和哥哥家暴，他一怒之下殺死媽媽，嫁禍與媽媽的毒友，又偷車撞死了哥哥後逃逸。方禮信是一個精神變態，但心思縝密，他將親人對他的傷害報復在了社會。
影片結尾處劉青雲被聘任為顧問，在其辦公桌前，在查看方禮信媽媽、哥哥的案宗時他一抬頭，看見了玻璃窗上自己的影子顯示的卻是魔警方禮信的模樣。
同時影片用德語播放着旁白：
當你凝視深淵，深淵也在凝視你！
與怪物戰鬥，小心自己成為怪物！
凡不能殺死我的，都將使我強大！
而這些正是德國哲學家尼采的名言。
尼采是我喜歡的哲學家之一，他的哲學充滿着人類不屈的力量，他反對一切束縛人類潛能的社會規則，提出重估一切價值。他鼓勵發揮人的創造性，認為傳統的道德是弱者對強者的約束，是強者的枷鎖。他宣揚主人道德，倡導充分發揮人的主觀能動性。他把超越自我，釋放生命的本能衝動以及增強人類力量感的東西當作美德。他反對基督教，認為基督教是奴隸道德，它限制人的創造力，他大聲疾呼「上帝已死」。尼采鼓勵人們要將只有一次的生命活得更為精彩，他說「每一個不曾起舞的日子，都是對生命的辜負」。
當你凝視深淵，深淵也在凝視你。
我們每個人都有正邪的兩面，一念成佛一念成魔。當你凝視你心中的魔的時候，他也正虎視眈眈地凝視着你。面對多年的積案、冤案，受害者的後人，能不能超越法律用自己的方式去為親人報仇？當他們心中有了這個念頭的時候，這個念頭也正在侵蝕着他們的思想。影片中被害者後人，他們被深淵所吞噬，成為了惡魔。
與怪物戰鬥，小心自己成為怪物。
李俊在與惡魔的戰鬥中，自己也在不斷地遭受着惡魔的侵蝕，可能一不小心就會成為惡魔。在方禮信殺了他的女兒後，這時他的腦海里有兩個聲音在激烈的鬥爭，一個說「你能殺了我女兒，我為什麼不能殺了你兒子」
另一個聲音 「為了女兒，不能變成怪物」，最終李俊選擇了自己的良知，正義戰勝了惡魔，成就了自己。
影片結尾處方禮信被燒死後怪物又再次出現，也就隱含着方就是惡魔，最終惡魔被戰勝。
凡不能殺死我的，都使我強大。
在我們與對手較量的過程中，也是自我成長的過程。李俊在與方禮信的大戰中，在與自己內心鬥爭中，終於選擇了正義，也使其更為強大。
從尼採的角度看來李俊就是一個被世俗眼光所限制的「超人」，他完全沉浸在自己的世界之中，為了心中的正義，為了正法所有犯罪不顧一切，他充分地發揮着能動性，然而卻被世俗認定為「瘋子」。李俊的這種人類的創造性、能動性正是尼采提倡的超人哲學。尼採在否認了傳統的道德之後，提出了新的道德標準，就是超人哲學，這種道德觀就是要最大限度地發揮人的能力，盡情的釋放人的創造性。要做到超人,尼采認為需要實現「精神三變」，即從順從主人的駱駝，變成征服慾望強烈的獅子，進而成為不受任何約束的孩子。這也是「要我——我要——我是」的三個階段。
在我看來，尼採的這三句話可以理解為一個遞進關係。
第一層「當你凝視深淵，深淵也在凝視你」。當你在正邪之間徘徊，當你在審視自己的內心時，邪惡也在凝視着你，並時刻準備着吞噬你。
第二層「與怪物戰鬥，小心自己成為怪物」。當你下定決心與邪惡進行戰鬥時，你也要時刻保持一份警惕之心，小心被邪惡所吞噬而成為邪惡。
三層「凡不能殺死我的，都將使我強大」。當你戰勝邪惡，打破了桎楛超越了限制，將成為真正的超人。
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