凌晨的香港葵涌貨櫃碼頭，警方在其附近悄然而迅速地集結，一場大行動即將開始。原來警方同時收到兩個情報，一個是凌晨兩點有一群太里毒販會來香港進行毒品交易，地點就在葵涌貨櫃碼頭。而另一個情報則是有一批亞洲地區以外的重型軍火要從香港出貨。警務處處長潘學榮很疑惑，為什麼會有同樣的時間地點，但是有兩種不同版本的情報，是不是有人想衝擊警方的情報網，又或者另有預謀。他讓重案組和毒品調查科的人在交易地點附近原地待命。而飛虎隊員也登上了警用飛機，提前趕到現場隨時待命。
此時距離交易時間還有20分鐘，在監控車內，刑事情報科高級督察丁浩然接到線人電話，放下電話他對處長說交易的是毒品，賣家不清楚，買家叫文薩是香港人，有黑社會背景隸屬聯義，資料一會發給大家。處長下令由毒品調查科高級督察章文龍統籌行動，章文龍帶着他的小隊迅速出發。重案組高級督察汪國棟來到監控車上，他對處長說距離軍火交易還有20分鐘，這個案子還沒完，可能有人想調虎離山，如果真讓那批軍火出貨那就麻煩了。他請刑事情報科的夥計幫他查一下，香港碼頭凌晨兩點有沒有船開，目的地去哪兒。情報科的人通過查詢得知凌晨兩點只有這一個碼頭有船出貨。
此時毒販在船上開始交易，處長命文龍抓人，文龍帶人包圍了交易的船隻，突然一個神秘男子按下手中的引爆器，碼頭上堆放的貨物發生爆炸，文龍的人有些猝不及防，而船上的毒販也拿着武器上岸，和警方交起火來。看着監控畫面，處長立即通知飛虎隊前去支援。汪國棟盯着監控畫面說買賣雙方都不知道爆炸，有人製造假消息把警力集中到這裡。他迅速跑回自己的車前，讓大家出發跟着他。
這邊飛虎隊趕到現場支援，雙方激烈交火，毒販死傷不少。發現文薩開車想逃，監控人員通知文龍儘快去攔截。當文龍趕過去時，文薩正駕駛一輛大貨車在路上橫衝直撞，他趕緊駕駛另一輛大貨車在後面追趕。當文龍駕車和文薩的車並排時，他猛打方向盤，用車去碰撞文薩的車，試圖讓他停下來，但文薩努力穩住方向盤，繼續向前逃竄。在警用小飛機上，飛虎隊總指揮駱家成看到有毒品販子駕船要逃，就讓同伴放繩子讓他下去，他下到船上後，和毒品販子交上了火，他沉穩作戰，乾淨利落地將他們一一擊斃。
這時汪國棟也來到準備運貨出海的船隻地點，情報科的同事告訴他那艘船註冊公司是也門。下車後，汪國棟告訴同伴貨櫃里有軍火，船還有5分鐘就要開了，他讓大家小心。當他們讓現場裝貨的人把貨櫃放下來時，突然船上有人向他們開槍，他和隊員急忙躲避，然後迅速開槍還擊。塔吊上的人被他擊中，正吊起的一個貨櫃掉了下來，貨櫃落地後門被摔開了，裏面出來一個潛水艇，藉著慣性，它朝着汪國棟沖了過去，直到有貨物阻礙它才停下來，潛水艇裏面並排裝着三枚導彈慢慢向上豎起。
此時在碼頭上啟動爆炸裝置的神秘男子接到電話，電話里對方說他要出賣他，他說他沒有，導彈驅動程式還在他手裡。但對方不相信他，他就啟動了引爆裝置。汪國棟拍了導彈的圖片回傳給處長，他還發現裏面有個定時炸彈，時間是10分鐘。而爆炸處理組的人還有8分鐘才能到，而一枚導彈的爆炸威力牽涉8公里範圍。汪國棟對處長說即使爆炸處理組趕到也來不及拆除炸彈，不如讓他試試。處長不同意說太危險了。汪國棟說來不及了，定時炸彈爆炸，三枚導彈也會爆炸，會死很多人。
處長讓他小心一點，打開手機直播。汪國棟緊急拆彈，此時豎起的三枚導彈慢慢降落，處長對他說沒時間了趕緊撤。就在導彈即將落下的一剎那間，汪國棟終於拆掉了炸彈，他快速向前跑了幾步，把炸彈扔進海里，炸彈爆炸了，激起了很大的水花。而文薩在逃跑的過程中，他駕駛的卡車突然側翻了，追上來的文龍下車把昏迷的文薩從駕駛室里拉了出來，這時他的對講機響了，手下人告訴他現場繳獲一批毒磚，價值一千萬。章文龍聽了說交易這麼少卻搞這麼大的陣仗，他們中計了。
潘學榮等人來到香港政府總部，向特區行政首長何惠英進行彙報。保安局局長李創聲說無人導彈潛艇不是普通的軍火，他們會跟進調查。潘學榮說這次的雙重情報很明顯是不法分子的刻意所為，他們散布虛假情報聲東擊西分散警方注意力，企圖進行軍火運送。特首問這個情報是誰找回來時，他說是總區重案高級督察汪國棟。
保安局副局長徐宏業問汪國棟為什麼只有他一個人獲得這個情報，汪國棟說在警方情報網以外，他還有其他線人。徐副局長問線人什麼身份，是否跟犯罪組織有關，是否能回來協助調查，汪國棟說線人不在香港，他有責任保護線人的人身安全。特首讓警隊協助保安局拿出應對方法來。
下班後，駱家成和潘學榮在酒吧里喝酒聊天，潘學榮覺得此次軍火事件並不那麼簡單，駱家成說警隊有很多人才，但都分佈在各個部門，他建議成立一個特殊團隊來處理特殊的事情，當潘學榮問他誰來帶領這個特殊團隊時，他不禁會心地笑了，說別拐彎抹角了，他來吧。
