清同治三年（公元1864年）四月二十七日，大平天國首領洪秀全死於城內天王府，享年五十一歲。因為他死的時候正值太平天國首都天京（今南京）在清軍圍攻下發發可危之際，因此，關於他的死因，後人爭論不一，目前主要有兩種觀點。
第一種說法是：自殺。
太平天國後期主要領導李秀成被清軍捕獲後，在其自述中，對洪秀全的死有這樣的記載：“天王（洪秀全）斯時焦急，日日煩躁，即以四月二十七日服毒而亡。”太平天國後期主要領導洪仁玕被清軍捕獲後曾寫下《洪仁玕自述》，其中有這樣的話：“天王之自殺，更令全局混亂。”湘軍首領曾國藩同時對朝廷的奏稿中說：“首逆洪秀全實系本年五月間，官軍猛攻時，服毒而死。”
根據以上史書資料記載，很多史家認為洪秀全的死是自殺，而且是“服毒自殺”。
第二種說法是：病死。 曾國藩的《湘鄉曾八本堂·李秀成親供手跡》有這樣的記載：“此時大概三月將尾，四月將初之候，斯時我在東門城上，天王斯時已病甚重，四月二十一日（天曆）而故。”“此人之病，不食藥方，任病任好，不好亦不服藥也。是以四月二十一日而亡。……天王之病，因食咁露病起，又不肯食藥方，故而死也。”這明確記述洪秀全是病死的。
同時，有學者指出，李秀成被擒後，寫的《李秀成自述》，是經曾國藩篡改過的。曾國藩的幕僚趙烈文在《能靜居士日記》七月初七日條中說：“李秀成之供詞，文理不甚通適，而情事真確，僅鈔送軍機處，以備查考。”由此可知，曾國藩所出示的李秀成供稿，是被“改定”過的。原因是曾國藩在此前的奏稿中，說洪秀全是自殺的，所以把李秀成供詞中洪秀全病死“改定”為自殺，也就在情理之中了。而《洪仁玕自述》的後半部分中說洪秀全自殺，恐非洪仁玕本意，因為原稿已失。
幼天王洪福瑱（洪天貴福）在“自述”中曰：“本年四月十九日，老天王病死了。二十四日（天曆）眾臣子扶我登極。”趙烈文《能靜居士日記》五月初六日條記：“聞探報稟稱，逆首洪秀全已於四月甘八日病死（彼中之四月二十日）。”都證實洪秀全是病死的。
因此，終上所述，洪秀全病死的可能性最大。
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