以史为鉴，直面历史。
这部电影讲述的故事，用14个字概述就是：将军医国、可杀人，医者医人、必救人。
“1642年，距明朝覆灭还有两年，李自成率领农民军包围开封，明朝大厦将倾”。
惨烈的攻城场面、交错重叠的炮火声和喊杀声，影片一开头就将观众拉回了那个动荡残酷的年代。
残破的大明军旗、千疮百孔的城墙像是一个无声的注解，指向开头字幕上那句“明朝大厦将倾”。
《大明劫》故事从这里开始，崇祯皇帝万不得已将关在死牢内的孙传庭将军释放出来，督师陕西军政，南下攻打李自成。
可是潼关一带瘟疫横行，身强力壮的士兵纷纷病倒，几天就不治身亡。军营里面的运尸车一趟一趟地将将士们的尸体运走。
江湖游医吴又可临危受命，大胆提出对《伤寒论》的质疑，提出自创一套的祛病方法，创立《瘟疫论》。
故事分两条线，明显是将军来到潼关，孙传庭面对的是一系列军政积弊：兵源不足、补给不足、军屯被占、政治腐败。
这一切对孙来说，其实并不是问题。他有理想，也很现实。军阀拥兵自重？设计杀掉，连他的兵一块儿杀。
粮官保管不力？直接杀掉。缺粮缺饷？找土豪要。军屯被占？土豪们则被招待了一顿鸿门宴。
士兵们冲进来的时候，土豪们跪在地上苦苦哀求留条性命，但他理也不理。那一瞬间我有点同情土豪了。也许那里也有好人，只不过贪财了些，就稀里糊涂地掉了脑袋。
暗线则是医生吴又可与瘟疫搏斗，但相对于孙传庭那边的血雨腥风，竟然显得平静许多。吴又可首先控制了传染，保住剩下的军队，接着开始尝试治愈病患。
《大明劫》中孙传庭和吴又可关于几百名染上瘟疫士兵的处理问题，是电影的高潮。
作为医者的吴又可，面对每一个生命，他都不愿轻易放弃，因此他的选择是留，而作为将军的孙传庭，他是总领全局的人。
在电影中，他对吴又可这么说道：“如把这些染上瘟疫的士兵一起出关，那么大军就都会染上瘟疫，这仗不用打，我们已经输了，如果把他们留在后方，万一暴动，无法控制起来，后方不稳，那一样是一败涂地的结果”。
在此逻辑下，孙传庭选择了杀。两人选择的对错，这里不做评价，我认为都是在不同角色下做出的不同选择，其实无法合理同等地进行比较，但从这个剧情中，吴又可的医道精神是很明显的表现在了观众的面前。
而电影中的医道是贯穿始终的。从最初吴又可治疗官军头头，还想治疗旁边受伤的闯军，虽立时遭到官军呵斥，却也因此救了自己的命。
再到最后，临危受命，为军营几百号染上瘟疫的重症患者治病，以及后来闯军抓住他，想将他抓走，他却始终想的都是他的病人。
闯军就问了一句“官军治得，闯军便治不得？”，又可答道：“在我心中，本无官军，闯军之分，只有病人”，在医者面前，无论何人，皆无贵贱，这便是医道中的待人之道。
电影中的医道是辩证创新的。这从电影中主角吴又可与他的老师赵川的多次辩论中，就可见一斑。电影中赵川是一个顽固，固步自封，死守祖宗之分不变的老者形象。
他与吴又可同去军营看病，却给出完全不同的治疗方案，赵问吴为何，吴答之“后辈以为，这非寻常寒热之症，而是瘟疫初起之像”。
而赵却大不认同，并且搬出几百年前的《伤寒论》的祖宗之法来反驳，只以一种论述，便断言所有的情况，未免不妥，但吴亦无法证明自己的想法，赵便强压着用自己的想法，岂知这丝毫没有减弱兵营的瘟疫危机，后自己也因染瘟疫而死。
吴又可也没有因为遭到尊敬之人的反驳，训斥而放弃，毅然于深夜出走，独自一人找寻论证之道，这份精神也很值得我们现代人的学习。
再后来，吴又可终于找寻到空气传播疫源的原理，回来首先告知赵川之女，后又对孙传庭全盘托出，得到孙传庭的信任和支持，全权负责治疗瘟疫之事。
故事结尾，崇祯连连催促孙传庭南下解开封之围，但军营中依旧有百十病号。
大军不能把他们带走，也不能留人照看，当地无力供养。于是最终的解决方案就到来了。杀。
吴又可眼看自己的医治即将成功，却换来这样一个结果，欲哭无泪。孙传庭说：要知轻重。吴又可说：我是一个不知轻重的人。
也许对医者来说，人命确实是无法以轻重衡量的。但对一个国家来说，可以。
于是吴又可离开了，他回到了江苏老家，一个世外桃源般的地方。孙传庭没有去追他。电影中的这一幕，他坐在昏暗的营帐里，读着吴又可留给他的信。阳光突然射入，一扫阴霾，原来营帐被军士收起，这是要拔营启程了。
新的一天开始，二人走上不同的道路。“世道交替唯医道永存，世间万物皆有宿命”。
