演员牧树里有一个名为“命运的宝石”的蓝宝石戒指，她收到了怪盗基德要来偷走蓝宝石的预告信，所以她找到小五郎，希望他可以帮忙保护宝石。依据小五郎的推理，基德将会在演出最后一天扮作拿破仑的样子偷走蓝宝石。于是在演出最后一天的时候，小五郎一行人来到了演出的地方，而这个时候，工藤新一跟随着警察一起来到了牧树里的化妆间，柯南简直有苦说不出，既要保护宝石又不能指出新一是基德假扮的
柯南只能盯紧基德假扮的新一，在演出结束时，柯南发现新一要离开，急忙去追，两人来到天台进行PK,柯南一不小心摔下去了，在基德救柯南时，柯南打开了阿笠博士发明的降落伞，两人你追我赶，最终基德逃走了。还好，蓝宝石没有被偷走，牧树里为了感谢大家。小五郎一行人以及一同演的演员一起去北海道函馆度假。在大家都在机舱里的时候，妃英里以及身体不好不能参加的新庄也来到了机舱
飞机起飞后，柯南一直保持警惕，防止宝石被混在人群里的基德抢走。柯南一直注意着牧树里，她的状态好像一直不太好，一直有点烦躁。接着牧树里去了驾驶舱和机长打招呼出来后，吃了经纪人给的巧克力后救中毒而死，然而小五郎也吃了巧克力，但是并没有中毒。于是柯南本想利用老方法用手表将小五郎弄晕，然后借助小五郎指出凶手，最后麻醉针却射中了妃英里，柯南就将计就计，借助妃英里说出了事情的真相。凶手对牧树里下毒的方法极为巧妙：牧树里在飞机上会通耳朵，虽然树里会潜水，但是因是初学者
只能用拇指和食指捏着鼻子，而且习惯用右手且在吃完巧克力会舔掉手指上的可可粉，凶手正是利用这一点以及自己化妆师的身份，将毒药与粉底液混在一起涂在了牧树里鼻子两侧，所以在牧树里通完耳朵后，手指上占有毒药且被舔掉了。其实凶手就是牧树里的化妆师------酒井夏树，因为夏树的梦想是去好莱坞当一名出色的化妆师，在一个月前有个好莱坞明星的经纪人邀请她去好莱坞发展，然而牧树里却在背后搞鬼，使得夏树失去了这次机会，所以夏树怀恨在心，于是就杀了牧树里。而在这时，机长也中毒了，不小心接触了飞机的自动驾驶系统，最终在柯南与新庄的合作下，终于使飞机平稳下来。新庄让柯南坐在副驾驶帮助他，这时柯南猜到新庄其实就是基德假扮的。在准备降落时，飞机被闪电击中导致自动系统坏了，且撞坏了一个引擎，这时燃料也不够了，他们只能最近找一个空旷的位置降落，于是他们决定降落在崎守码头。因码头没灯，基德以己为耳引来警车照明，小兰被赶鸭子上架，最终在新一的帮助下，成功降落
看完这部可真是让人紧张呀，小兰还是很棒的，因为新一的鼓励，因为自己强大的内心，最终成功让飞机降落。妃英里与小五郎两人互相看不顺眼，但是在飞机出事时，小五郎一直保护着昏迷的妃英里。话说基德其实还是挺善良的吧，他选择以自己为耳，为柯南他们照亮码头。最后要说的就是，人果然只有在最危险的时候才会吐露心声，小兰竟然给柯南表白了
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