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上篇文章咱们说到了尼克开始筹备复仇者联盟，这个名字的灵感正是来自于卡罗尔飞机上的字样，随后再一次恐怖袭击中，尼克救下了皮尔斯部长的女儿，顺利的当上了神盾局的局长。1999年瑞士科技会议，在这里托尼认识了殷森等人，托尼承诺基里安在顶楼与其会面，但托尼未能赴约，埋下了仇恨的种子。2005年布鲁斯.班纳加入生物增强计划，罗斯将军再次启用升级版超级士兵血清，而实验对象是班纳。但是在实验过程中发生了意外，班纳暴露在大量的伽马射线中，最后变成了绿巨人，随后开始逃亡生涯。
2008年，托尼·斯塔克继承了父亲的事业，组装了第一台战甲马克1，并利用钯元素研发了第一代小型弧形反应堆。由于第一代展架的续航时间有限坠毁在沙漠中，随后又研发了马克2和马克3。之后斯坦利用斯坦克工业十六区复制了战甲，并且盗取了托尼的核心反应堆，成为了铁霸王，但依旧不敌钢铁侠。托尼也在全世界面前说出自己就是钢铁侠，天马计划再次实施，同时局长还招募了艾瑞克博士。
与此同时伊万的复仇计划也失败了，而钢铁侠中毒的迹象也越来越明显，神盾局却找不到救他的办法，只找到了缓解症状的方式，将父亲留给他的东西带给他。托尼在看完视频之后自己研发出了一种新的元素救了自己，也让父子俩多年来的心结解开了。与此同时，雷神的加冕仪式也因为冰霜巨魔的入侵而打断，于是他孤身一人去到了冰巨人国，虽然最后被奥丁救了回来，但是奥丁也非常不满他的行为，便将他放逐，并且在锤子上施加了魔法，只有得到锤子的认可才可以使用。
与此同时，罗斯将军也发现了绿巨人，虽然派出了很多人但都不是他的对手。雷神也因为牺牲自己而救助他人的行为也获得了锤子的认可，随后也被带回了神盾局。班纳博士也找到了可以让自己恢复成正常人的方式，但是他血液中的提取物却被布朗斯基注入自己的体内，成为了憎恶，但最终还是被班纳打败。随后神盾局也发现了美队的踪迹，将他带了回来并让他加入了神盾局。之后雷神也回到了阿斯加德与弟弟展开战斗，洛基却因实力不济落入宇宙的深渊，之后更是遇到了灭霸等人，并得到了权杖，让他作为进攻地球的先锋部队。
局长也正式招聘复仇者，虽然中途也遇到了一些事情，但最终在众人的努力下守护了地球。雷神带着弟弟和魔方回到了阿斯加德，但是黑寡妇的权杖却几经周转到了一个男爵手中。男爵利用权杖的力量开始各种实验，造就了很多的产物，其中最出名的就是绯红女巫和快银。同时外星人的武器也被一对夫妇得到，最后也加入了神盾局。
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