《孤舟》作為一部抗戰時期為背景的諜戰劇，劇中的角色並有所謂的主角光環。顧易中雖有著留美背景，又是能力出眾的建築師，但前期基本被吊打，毫無還手之力。反而是張海沫，一開始便表現出了機智過人的反應能力，多次助顧易中脫險。
王明陽犧牲，陸君諾揭穿劉秀娟身份，周知非被捕入獄，看到最後，張海沫才是最強特工。
黃秋收作為顧易中的上線，在犧牲前交待他的最後一件事便是潛入日本司令部，查清「武工作」的具體細節。而因為上海的這次接頭，導致他最終暴露，在被抓回90號的路上犧牲了。
王明忠犧牲
顧易中為了完成任務，甚至將小林信男的垃圾全部收集起來，翻找了一遍最終仍然毫無所獲。而海沫卻憑藉評彈的關係與日本人小野太郎打好了關係。小野要求海沫與他一起去好友小林信男的生日會，顧易中藉此機會拿到了「武計劃」情報。
周知非的飯局並沒有找出陸君諾就是肖若彤的證據。顧易中因一直沒等到組織上派來的聯絡人，便將情報交給了肖若彤，讓她轉告羅武強儘快離開。
日美衝突讓國內局勢充滿了各種不確定性，李先生為了壯大自己的勢力，命周知非拉攏羅武強。在羅武強搖擺不定時，肖君俠因王陽明被90號抓走找到了羅武強，希望他能出面救出他。
羅武強趕到90號要人，周知非正在逼問他關於與代號「孤舟」聯繫的具體方式和暗號，因不敢與羅武強硬剛只能選擇放人。王明陽在被帶走時隨手拿走了放在一旁的書，周知非發現後立刻衝出去意圖將他手中的書搶走，推搡中誤殺了他。而這一刻羅武強的立場便也明確了。
陸君諾揭穿劉秀娟身份被捕
肖若彤被周知非扣押。原來在肖若彤身邊的娘姨劉秀娟，是李先生派來監視她的76號行動處外圍組長。吳冰梅找到顧易中希望他能救她。顧易中找到近藤故意挑撥他與李先生的關係，告訴他李先生秘密扣押了陸君諾，想用她來脅迫羅武強妥協。他以近藤的命令為由，在眾目睽睽之下要將肖若彤帶走，周知非無可奈何，留下一句「你確實聰明，但你不可能總贏」看著二人離開。
他帶著肖若彤走出去，就在要上車的那一刻，高樓上的狙擊槍手一槍便要了她命，就這樣她死在了他的懷裡，而他甚至不敢將此刻的情緒表露。第二天他失魂落魄的回到家，海沫得知真相後傷心不已。她從未對她有任何敵意，甚至只希望他們都能實現自己的抱負。
看到最後，張海沫才是最強特工
肖若彤死後，顧易中幾次差點暴露多虧海沫從中協助。抗戰勝利後，周知非見大勢已去想要帶著錢逃走，最終被捕入獄執行槍決。大仇得報，可顧易中一直沒能與組織取得聯繫，無人能證明他的身份，因此也被以漢奸的罪名逮捕入了獄。
海沫為了替他平反收集各種證據，最終被釋放。當顧易中還是特工界的小白時，她便幾次三番的助他脫離困境，更是用了5年的時間助他完成潛伏工作。她遇事總能冷靜處理，膽大心細。看似不經意的話語中，便將所有有價值的情報全部交代清楚了。到最後，能證實顧易中清白自身的只剩下海沫。
海沫明白顧易中心裡只有肖若彤，不強求他對自己有任何回應，卻也從不掩飾自己對他的喜歡，她讓人明白了愛一個人不是因為他有多好，而是因為自己夠好。她從來不會以愛之名強行捆綁。一切安穩下來後，主動離開顧易中。早已習慣海沫在身邊的顧易中才明白自己早已愛上了她。
大結局中海沫重新回到了顧易中的身邊，有情人終成眷屬。
